食堂掛靠被查會面臨一系列嚴重的后果。具體來說：

一、行政處罰

根據相關法律法規，掛靠行為可能面臨行政處罰，如罰款、停業整頓等。這些處罰措施旨在遏制掛靠行為的蔓延，維護市場秩序和公平競爭。

二、法律責任

如果被掛靠的餐飲公司因掛靠行為而對外承擔了法律責任，那么掛靠方也可能需要承擔連帶責任。這意味著，掛靠方不僅要承擔自己的違法責任，還要為被掛靠方的違法行為買單。

三、合同無效

由于掛靠行為違反了法律法規，因此以掛靠方式簽訂的食堂經營合同很可能被認定為無效。這將導致合同雙方的權利和義務無法得到法律保障，進而引發一系列法律糾紛。

四、聲譽損失

食堂掛靠被查后，掛靠方和被掛靠方的聲譽都將受到嚴重損害。這種聲譽損失不僅會影響雙方的業務合作和未來發展，還可能波及整個行業，導致行業信譽下降。

五、食品安全風險

食堂掛靠行為往往伴隨著食品安全隱患。被查后，如果食堂存在食品安全問題，將嚴重威脅消費者的身體健康和生命安全。這不僅會引發社會輿論的廣泛關注，還可能導致更嚴重的法律后果。

綜上所述，食堂掛靠被查會面臨行政處罰、法律責任、合同無效、聲譽損失以及食品安全風險等多重后果。因此，建議想要經營食堂的單位或個人，應當依法取得食品經營許可，合規經營，避免掛靠等違法行為。